자낭균류는 발효식품에서 활용되는 누룩곰팡이류를 의미한다. 담자균류는 버섯으로 알려져 있는 균류이며, 접합균류는 단백질 분해와 다당류 분해 효소 생성 능력을 갖추고 있다. 난균류는 자낭균, 담자균, 접합균과 다른 세포벽을 갖고 있으며 1800년대 아일랜드에서 심한 기근을 일으킨 감자역병균이 대표적인 난균류에 속해 있다.
담수 환경에 서식하는 균류는 먹이사슬의 최하단에 위치하여 동물의 사체나 분비물, 오염물질 등의 유기물을 분해하는 등 담수 생태계의 물질 순환에 매우 중요한 역할을 하고 있다.